NetApp được thành lập vào năm 1992 bởi David Hitz, James Lau,[7] và Michael Malcolm.[5][8] Vào thời điểm đó, đối thủ chính của nó là Auspex Systems. Năm 1994, NetApp nhận được vốn đầu tư mạo hiểm từ Sequoia Capital.[9] Nó được phát hành lần đầu ra công chúng vào năm 1995. NetApp đã phát triển mạnh trong những năm bong bóng Dot-com từ giữa thập niên 1990 tối 2001, khi đó công ty đã đạt doanh thu hàng năm 1 tỷ USD. Sau khi bong bóng bùng nổ, doanh thu của NetApp đã nhanh chóng giảm xuống còn 800 triệu USD trong năm tài chính 2002. Kể từ đó, doanh thu của công ty đã tăng đều đặn.

Năm 2006, NetApp đã bán dòng sản phẩm NetCache cho Blue Coat Systems. Vào năm 2014, NetApp mua lại dòng sản phẩm SteelStore về các sản phẩm sao lưu và bảo vệ dữ liệu của Riverbed Technology,[10] mà sau này đổi tên thành AltaVault.[11] Vào ngày 1 tháng 6 năm 2015, Tom Georgens đã từ chức Giám đốc điều hành và được George Kurian thay thế.[12][13]

Vào tháng 12 năm 2015, NetApp đã mua lại nhà cung cấp bộ nhớ flash SolidFire với giá 870 triệu USD (hoàn thành vào tháng 1 năm 2016).[14]